ศูนย์จัดการต้นน้ำที่ 3 เป็นหน่วยงานในสังกัดส่วนจัดการต้นน้ำ สำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ที่ 16 กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม มีหน่วย จัดการต้นน้ำที่ปฏิบัติงานในพื้นที่ อยู่ในสังกัดจำนวน 8 หน่วย โดยสามารถแสดงแผนผังโครงสร้างการบริหารงานองค์กรได้ ดังนี้